Следующая крупная веха в истории Амараса связана с именем внука святого Григория Просветителя, Григориса. Еще в юности он был рукоположен в епископский сан своим дядей, католикосом Аристакесом I, который отправил Григориса проповедовать христианство в Грузию и Албанию, где тот и погиб мученической смертью. Верные молодому епископу ученики привезли тело Григориса в Амарас, где он и был погребен в 338 году в новой церкви, названной его именем. Известие о том, что в Амарасе находится могила внука Григория Просветителя, было распространилось, и очень скоро арцахская обитель превратилась в настоящее место паломничества.
С Амарасом также связано такое важнейшее событие, как строительство самой первой армянской школы. Именно сюда прямиком из Эдессы, где он и создал армянскую письменность, направился Месроп Маштоц. В 405 году рядом с маленькой часовней, построенной еще при Григории Просветителе, и главной амарасской церковью, возникшей над могилой Григориса, была построена школа, в которой Месроп Маштоц со своими учениками обучали всех желающих грамоте. В Амарас рекой потекли люди, деньги и слава.
Дальнейшая судьба монастыря оказалась, увы, не столь блестящей. В IX веке Амарас разграбили арабы, в XIII – захватили монголы, а еще век спустя до него добрался сам Тамерлан. Последний сравнял Амарас практически с землей и вывез из монастыря последние остатки роскоши и богатств. Через год после этого погрома основанная еще Маштоцем школа вновь открыла свои двери, но разрушенные церкви так и не были до конца восстановлены.
Интересно, что в XIX веке Амарас был на некоторое время превращен в таможенный пункт на русско-персидской границе. Пожалуй, именно в это время монастырю был нанесен наибольший ущерб. В 1858 году на деньги, собранные богатыми шушинскими армянами, была отреставрирована старая часовня и могила Григориса, а на месте разрушенной монастырской церкви воздвигнута новая. Масштабные работы по восстановлению монастыря идут в Карабхе и сегодня.