Гладзорский университет был основан в 1287 году в небольшом скромном монастыре Танаат в Сюникской области. В те годы практически весь север Армении был захвачен монголами, и лишь на юге страны сохранились небольшие очаги независимости, одним из которых был и Сюник – благодаря искусной дипломатии князь Смбат Орбелян получил от великого хана специальную грамоту, в которой за ним были закреплены наследственные права на эту область.
Инициаторами создания университета выступили два человека – родич Орбелянов князь Прош Хахбакян и педагог Нерсес Мшеци. Первым делом к монастырю Танаат пристроили новую церковь и назвали ее Сурб Степанос (этот святой считался покровителем ученых и знаний). Затем было построено и само здание университета. Первым его ректором стал сам Нерсес Мшеци, ранее учительствовавший в монастыре Казар, при котором действовала одна из лучших армянских школ того времени. Вдвоем со своим верным учеником Есаей Нчеци они стали преподавать в Гладзоре теологию, философию, естественные науки, армянский и греческие языки, а также латынь. Кроме того, практически с самого дня основания университета здесь стали переводить и переписывать древнейшие научные и богословские труды. Одна из таких рукописей, сделанных в Гладзоре, в настоящее время хранится у ордена мхитаристов на венецианском острове Сан-Ладзаро, еще одна – в Британском музее. Университет также считался крупнейшим центром армянской миниатюры.
Позднее к основным дисциплинам, преподаваемым в Гладзоре, добавилась и история: студенты изучали труды Фавстоса Бюзанда, Лазаря Парпеци, Себеоса и Мовсеса Хоренаци. Отдельно следует отметить выдающихся учителей и выпускников Гладзорского университета. Ни одно другое армянское учебное заведение не могло похвастаться таким собранием выдающихся личностей. В разное время здесь получили образование и преподавали философ Ован Воротнеци (позднее он основал Татевский университет), выдающийся архитектор и скульптор Момик (автор прекрасных барельефов Нораванка), талантливейший миниатюрист Торос Таронаци, поэт Ованнес Ерзнкаци и многие другие.
Просуществовав пятьдесят шесть лет, в 1338 году Гладзорский университет закрылся. Виной тому стали сильный политический кризис и тяжелое экономическое состояние в стране. Князья Орбеляны больше не могли себе позволить содержать университет. Покинутый Танаат постепенно пришел в упадок и сегодня о былом величии здесь напоминают разве что руины одной из классных комнат.