Первые армяне появились в Бенгалии еще в начале XII века. Занимались они в основном торговлей и экспортировали джут – натуральное текстильное волокно, которое получали из одноименного местного кустарника. Благодаря своему весьма ощутимому вкладу в экономику страны, которая тогда еще находился под властью империи Великих Моголов, армяне получили от ее правителя Акбара I личное разрешение свободно исповедовать свою религию. Квартал в Дакке, где проживали армяне, со временем получил название Арманитола. Именно здесь в 1781 году была построена первая и единственная в этой стране армянская церковь.
Деньги на возведение Сурб Арутюн армяне собирали всей общиной, но основной взнос все же внесли четыре богатейших купца – Микаэл Саркисян, Аствацатур Геворгян, Макар Погосян и Ходжа Петросян. Специально для освящения храма из Армении приехал епископ Епрем, позднее ставший Католикосом всех Армян Епремом I Дзорагехци. Внутри церковь была расписана прекрасными фресками работы неизвестного мастера, а ее колокольня считалась одним из самых высоких сооружений в Дакке.
Пока Бангладеш находился под властью британской Ост-Индийской компании, которая пришла сюда в 1757 году, государство процветало. Но с конца XIX века торговля джутом пошла на убыль, Бангладеш начал катастрофически беднеть, и армяне стали покидать страну.
Однако здание церкви Сурб Арутюн сохранилось и считается одной из старейших построек современной Дакки. Во второй половине XX века здесь развернулась трогательная история последнего армянина Бангладеш. Микаел Овсеп Мартиросян приехал в Дакку в 1942 году и стал самоназначенным смотрителем Сурб Арутюна. Его стараниями храм и соседнее церковное кладбище были частично отреставрированы и приведены в должный вид. Все эти годы Микаел Мартиросян, Мистер Мартин, как знали его местные жители, искал своего приемника, человека, который позаботится об армянском наследии в Бангладеш после его кончины. Однако он умер в 2013 году, так и не найдя себе достойной замены.
В настоящее время у храма нет постоянного настоятеля, но два раза в год сюда приезжает и проводит богослужения армянский архиепископ из Австралии.