Основан Гегард был в XII веке, но главный храм обители, Катогике, братья Иване и Закаре Закаряны построили только в 1215 году. На его месте когда-то стояла другая церковь, одна из первых христианских в Армении, – ее разрушили еще в IX веке арабы. Позже храм приобрел Прош Хахбакян, основатель династии Прошянов. Так Гегард навсегда связал свою судьбу с орлом, держащим в своих когтях ягненка – гербом этого княжеского рода.
Настоящую славу Гегарду принесли скальные церкви. Первая из них, внутри которой журчит родник, была построена в 1240-х гг. и так и называется – Авазан («бассейн», «водоем»). Пещера с родником, в которой вырубили Авазан, была местом паломничества язычников задолго до появления в этих горах христианства. А самая известная скальная церковь комплекса – Жаматун, усыпальница Прошянов. Это аскетичное квадратное в плане помещение с удивительными рельефами, в которых порой встречаются и языческие мотивы. Самый необычный рельеф Жаматуна – львы с хвостами-драконами.
Однако никакие исторические подробности не мешают бытованию легенды, согласно которой монастырь построили не великие князья, а простые брат и сестра. Дав друг другу обещание оставить после себя что-то вечное, они долго искали место для церкви, блуждая по глубокому ущелью реки Гохт. В итоге, когда они практически отчаялись, яркий луч света озарил им дорогу. Источником была одна из скал ущелья. Так они поняли, где должен находиться будущий Гегард. Добравшись до вершины, они трудились не покладая рук. Брат долбил скалу, а сестра к длинным своим косам привязывала корзинку, в которой поднимала огромные камни.
Брат и сестра прожили в храме всю жизнь, а перед смертью получили необычный подарок: апостолы Фаддей и Варфоломей передали им копье римского легионера Лонгина, которым тот пронзил тело распятого на кресте Иисуса Христа. Именно благодаря этому храм и получил свое название: «гегард» означает «копья».
Вообще же Гегард изобилует легендами и историями, в том числе совсем недавними. Например, в просторном дворе храма есть камень, на который считает своим долгом взобраться каждый приехавший сюда ребенок. Валун этот оторвался от скалы и скатился прямо на это место, не задев по пути ни одной постройки. А их во дворе немало – здесь и пулпулаки, и хачкары, и старинные помещения для паломников, в конце концов, сама церковь. Увидев в этом знамение свыше, камень решили оставить и написать на нем дату, в которую случилось это чудо: 5 июня 1975 года. Это самый молодой «обитатель» Гегарда.