Старейшая постройка Ахпатского монастыря, церковь Сурб Ншан (Святого Знамения), появилась в 972 году. Местные жители передают из поколения в поколение предание о прекрасной царице Хосровануш, жене Ашота III Багратуни, которая повелела основать в этом небольшом лорийском селе монастырь в честь ее сыновей Смбата и Кюрике. Не поскупившись, венценосные супруги выписали из Ани, тогдашней столицы Армении, самого лучшего зодчего по имени Трдат, автора нескольких выдающихся построек города 1001 церкви.
После падения династии Багратуни монастырь Ахпат некоторое время пребывал в запущении и упадке, однако в 1064 году он был передан в дар князьям Закарянам, которые возродили его былую славу. Под покровительством Закарянов Ахпат обзавелся колокольней, книгохранилищем и просторной трапезной. Внутри церкви Сурб Ншан появились красивейшие фрески, а сам монастырский комплекс был расширен более, чем втрое.
В XII веке Ахпат стал крупнейшим культурно-религиозным центром не только области Лори, но и всей Армении. Грамматику, философию и теологию в школе при монастыре преподавали выдающиеся деятели армянской науки и культуры Ованнес Саркаваг, Самуел Анеци и Ованес Ерзнкаци. Ахпат был также известен своей единственной в округе типографией. Последней не было даже у его извечного конкурента монастыря Санаин, который находится всего в шести километрах.
Так же, как и Санаин, Ахпат неразрывно связан с именем великого армянского ашуга Саят-Новы. Но если в Санаине поэт и композитор провел первые годы своей жизни, то в Ахпатском монастыре – последние. В 1786 году грузинский царь Ираклий II, у которого Саят-Нова долгие годы служил придворным певцом, внезапно подверг его опале. По одним сведениям, Саят-Нова стал жертвой наветов и клеветы, по другой – поэт закрутил страстный роман с принцессой Анной, сестрой Ираклия. Так или иначе, но ашуга постригли в монахи и сослали в Ахпат, где он провел последние двадцать лет своей жизни. Среди жителей села до сих пор ходит легенда о том, что вопреки распространенной версии, Саят-Нова так никуда и не уехал из монастыря, и настоящую его могилу следует искать не в Тбилиси, а именно в Ахпатском монастыре, у плакучей ивы на заднем дворе церкви Сурб Ншан.